我国畜牧业综合生产能力显著增强，畜产品总产量大幅提升，畜禽产品结构逐步优化，畜牧饲养模式已由低生产力的农户散养模式向高生产力的集约化养殖模式转变，形成了区域化的畜禽生产布局。但畜禽养殖污染防治工作起步晚，起点低，管理基础薄弱，与规模化畜禽养殖的快速发展严重脱节。自2007年太湖蓝藻事件发生以来，水危机引起了党中央、国务院的高度重视以及社会各界的广泛关注，畜牧业与环境保护之间的矛盾日益突出，畜禽养殖污染成为农业面源污染以及水环境污染的重要内容。

目前，畜禽养殖的规模参差不齐，小规模及散养养殖仍占有相当大的比重，造成污染治理的难度加大。同时区域之间畜禽养殖量差异性极大，现有土地的载畜量极其不平衡。如太湖流域单位耕地面积标准生猪载畜量为0.036头/hm2，养殖总量总体合理，但区域养殖量不平衡，部分地区单位耕地面积载畜量已远远超出标准，造成局部畜禽污染严重。而根据各级粪污治理项目来看，粪污处理设施建设多以沼气工程、三分离一净化、发酵床为主要内容，但都存在局限性，不能彻底解决粪污问题。如沼气工程缺乏后处理，有利于农作物生长的沼液和改善土壤的沼渣若利用不当会严重污染农田和土壤，且大多养殖场重建轻管，设施运行易发故障;净化设备需24h运行,耗电大，运行成本高;发酵床占地面积大，不适宜土地紧张的苏南地区等。同时，污染防治设施的建设和运行成本让多数养殖场无力承担，“达标排放”模式不但很难解决畜牧业

环境污染问题，还会对畜禽粪便资源造成浪费。